Na afloop van de Sandinistische regeerperiode zijn de betrekkingen tussen de VS en Nicaragua hersteld. Nicaragua is lid van de CA-4 groep, gericht op het bevorderen van vrij verkeer van personen en goederen, waarvan verder Guatemala, El Salvador en Honduras deel uitmaken. Nicaragua heeft steeds bijgedragen aan het bevorderen van de Midden-Amerikaanse integratie. Ter bevestiging van het integratiestreven werd op 2 september 1997 de 'Verklaring van Nicaragua' ondertekend door de Presidenten van Belize, Costa Rica, El Salvador, Guatemala, Honduras, Nicaragua, Panama en de Vice-President van de Dominicaanse Republiek. Met Mexico werd in september 1997 een vrijhandelsverdrag gesloten. In oktober 2005 ondertekende Nicaragua het Centraal Amerikaanse vrijhandelsverdag met de Verenigde Staten, DR-CAFTA (Central American Free Trade Agreement + Dominicaanse Republiek), waarvan Costa Rica, Honduras, El Salvador, Guatemala en de Dominicaanse Republiek al reeds deel uitmaakten. Tijdens het Nicaraguaanse voorzitterschap van de SICA (het Centraal Amerikaanse samenwerkingsverband), tijdens de eerste helft van 2002, is een belangrijke impuls gegeven aan de regionale integratie. In principe zou per 1 januari 2004 een douane-unie tussen Nicaragua, Costa Rica, Honduras, El Salvador en Guatemala een feit moeten zijn.
Met Colombia, Costa Rica, El Salvador en Honduras bestaan geschillen over territoriale (zee) grenzen. In maart 2000 richtte Costa Rica een verzoek aan de Permanente Raad van de Organisatie van Amerikaanse Staten (OAS) ter bemiddeling in het dispuut met Nicaragua over het gebruik van de San Juan rivier. De OAS heeft de landen aangeraden de bilaterale besprekingen hierover te hervatten. Het grensconflict leek sindsdien naar de achtergrond te zijn verschoven, totdat Costa Rica in 2005 het geschil voorlegde bij het Internationaal Hof van Justitie in Den Haag om een uitspraak in de zaak te doen. Dit proces is nog gaande.
Nicaragua en Colombia claimen beiden de zone in de Atlantische oceaan waarin zich de San Andres eilandengroep bevindt. In 1928 zijn de grenzen gedefinieerd (en hebben beide landen het verdrag getekend) maar Nicaragua bleef aanspraak maken op de eilandengroep. In 1986 tekende Honduras een verdrag met Colombia waarin Honduras de door Colombia geclaimde gebiedsdelen erkent. In 1999 liep de spanning tussen Honduras en Nicaragua hoog op toen Honduras het verdrag ratificeerde. De relatie tussen Nicaragua en Honduras verslechterde verder door provocerende acties van beide landen, zoals de herinvoering van de dienstplicht door Honduras en de invoering van 35 procent belasting door Nicaragua op alle Hondurese (en Colombiaanse) producten. In 2000 is het geschil tussen Nicaragua en Colombia voorgelegd aan het Internationaal Hof van Justitie in Den Haag. Op 13 december 2007 deed het Hof de voorlopige uitspraak dat meridiaan 82 niet wordt erkend als zeegrens. Colombia eist het zeegebeid ten oosten van die meridiaan op. De definitieve uitspraak van het Hof zal nog volgen. Nicaragua heeft de Verenigde Naties verzocht Colombia duidelijk te maken dat de problemen op vreedzame wijze kunnen worden opgelost en de twee landen het gebied gezamenlijk kunnen bevaren.